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长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度在200-100000 nt之间的RNA分子,它们不参与蛋白质的编码,但是在细胞内起着重要的调控作用。已有的研究表明lncRNA参与X染色体沉默,基因组印记,表观遗传修饰,转录激活等多种生物学过程,已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。lncRNA测序就是采用高通量测序技术结合生物信息分析,一次性获得样本中所有的lncRNA和mRNA信息,对lncRNA的类别、表达和功能进行深入分析的方法。
技术路线:
技术优势:
•lncRNA-seq可利用一份RNA样品,同时获得lncRNA和mRNA的测序数据;
•鉴定已知lncRNA的同时,可以预测新的lncRNA;
•信息量大,可进行mRNA和lncRNA共表达分析。
样本类型:完整无基因组DNA污染的Total RNA
样本浓度:浓度≥ 100 ng/μL
样本纯度:OD260/280介于1.8-2.2,OD260/230 ≥ 2.0
样本需求量:总量≥ 2 μg
样本完整度:28S/18S ≥ 1.0, Agilent 2100 Bioanalyzer检测RIN值≥ 7.0
数据分析内容:
1) 原始测序数据预处理 2) 数据质量过滤 3) 参考序列比对分析 4) 鉴定已知lncRNA 5) lncRNA表达定量 6) lncRNA差异表达分析 7) 差异lncRNA靶基因预测 8) 差异lncRNA靶基因的GO和KEGG富集分析 9) 新lncRNA预测 10) miRNA结合位点注释 11) mRNA标准分析 12) lncRNA和mRNA联合分析 13) 个性化信息挖掘(根据客户需求定制分析内容) |
结果展示:
图 已知lncRNA预测靶基因结果示意图
图 预测的新lncRNA的gtf注释结果示例
EBioMedicine:增强子RNA lnc-SLC4A1-1通过激活CXCL8和NF-kB通路调控不明原因复发性妊娠丢失(URPL)
为了鉴定可能参与URPL的lncRNA,通过RNA-seq分析了转录组,并按照图a所示的流程分析了数据。将URPL与匹配对照进行比较,采用Cuffdiff和DESeq方法在绒毛组织中分别鉴定出476和250个差异表达的lncRNA(DELs)。从Cuffdiff和DEseq结果的交集中选择131个lncRNA作为可信DELs(图b)。采用KEGG通路分析预测URPL相关DELs的富集生物学通路。图c、d显示了前10个上调和下调的通路。大多数通路与免疫功能相关,包括Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路和Jak-STAT信号通路。
图 URPL异常表达的lncRNA
1.lncRNA测序也能捕获mRNA的信息吗?
答:是的,通过rRNA去除的建库方式可以同时捕获lncRNA和mRNA的数据,对于分析ceRNA调控网络有帮助。
2.lncRNA的研究相对更热门吗?
答:与编码蛋白的mRNA相比,lncRNA的研究在不同领域相对更少,其发挥的调控机制方式很多,比较适合基础研究,对于课题申请来讲新颖性会更好。
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