技术服务
Technical Service
Accu16S®细菌绝对定量测序
  • 天昊生物自主研发的创新技术--Accu16S®细菌绝对定量测序,是通过向样品DNA中添加人工合成的不同拷贝数的spike-in 内标序列,之后进行16S rDNA扩增子文库构建、测序,再根据spike-in 内标的16S rDNA扩增子reads数及其绝对拷贝数绘制出标准曲线,后就成功获得样品中OTU代表序列对应的细菌物种绝对拷贝数。

    简单的说,相对定量是由测序reads得到OTU,然后经过抽平后再进行生信分析。而绝对定量是在获得测序reads,得到OTU后,不抽平,而是直接利用标准曲线换算成绝对拷贝数后进行分析。

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    试验及分析流程

    技术优势

       • 一次检测,三套数据,结果更丰富;

       • 对样本的需求量要求低,避免因样本无备份等造成的无法检测情况;

       • 检测通量高,检测合格范围内各类菌种均可绝对定量;

       • 相对定量和绝对定量数据相互印证,减少传统相对定量假阳性问题;

       • 避免跨平台qPCR定量的系统误差;

       • 避免因样本DNA抽提等原因造成的PCR抑制剂残留对结果准确性的影响;

       • 避免qPCR等定量实验碰到的引物设计和优化难题。




  • 样本类型:DNA、土壤、粪便或其他环境样本

    DNA需求量:浓度 ≥ 20ng/μL,总量 ≥500 ng (一个片段,两次实验需求量)

    样本完整度:琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA完整性,要求电泳条带清晰可见,无明显降解,且无RNA污染




  • Accu16S®细菌绝对定量测序技术的数据分析包括:序列质量控制、序列比对和OTU聚类、物种注释、标准曲线构建、样本绝对丰度计算和分析等步骤。分析结果包括各菌群不同分类水平的绝对丰度、相对丰度和联合分析等内容。

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    功能预测(PICRUSt2)

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    物种与环境因子相关性分析





  • —  医学领域(部分)—

    文章

    杂志

    IF

    年份

    单位

    样本类型

    Glucocorticoid-induced loss of beneficial gut bacterial extracellular vesicles is associated with the pathogenesis of osteonecrosis

    糖皮质激素诱导的肠道有益菌胞外囊泡的减少与骨坏死发病相关

    Science Advances

    14.957

    (JCR: Q1)

    2022

    中南大学湘雅医院

    小鼠粪便

    Chain conformation, physicochemical properties of fucosylated chondroitin

    sulfate from sea cucumber Stichopus chloronotus and its in vitro fermentation by human gut microbiota

    绿刺参岩藻糖基硫酸软骨素的链构象、理化性质及其体外发酵

    Carbohydrate Polymers  

    10.723

    (JCR: Q1)

    2019

    潍坊医学院

    人类粪便

    体外发酵液

    Bacteriophages allow selective depletion of gut bacteria to produce a targeted-bacterium-depleted mouse model

    噬菌体可以通过对肠道细菌的选择性敲除产生靶向敲除细菌小鼠模型

    Cell Reports Methods

    Cell子刊,暂无

    2022

    西安交通大学第一附属医院

    小鼠粪便

    Network Pharmacology and Absolute Bacterial Quantification-Combined Approach to Explore the Mechanism of Tianqi Pingchan Granule Against 6-OHDA-Induced Parkinson’s Disease in Rats

    利用网络药理学与细菌绝对定量相结合的方法探讨天芪平颤颗粒抗6-OHDA诱发大鼠帕金森病的作用机制

    Frontiers in Nutrition

    6.590

    (JCR: Q1)

    2022

    上海交通大学医学院附属新华医院

    大鼠粪便

    Effects of β-type glycosidic polysaccharide from Flammulina velutipes on anti-inflammation and gut microbiota modulation in colitis mice

    金针菇β-型糖苷多糖对结肠炎小鼠的抗炎及肠道菌群调节作用

    Food & Function

    6.317

    (JCR: Q1)

    2020

    南京农业大学

    小鼠粪便

    Supplemental Nacyl homoserine lactonase alleviates intestinal disruption and improves gut microbiota in broilers challenged by Salmonella Typhimurium

    补充N-酰基高丝氨酸内酯酶可减轻受鼠伤寒沙门氏菌攻击的肉鸡的肠道紊乱并改善肠道菌群

    Journal of Animal Science and Biotechnology

    6.175

    (JCR: Q1)

    2023

    华南农业大学

    肉鸡肠道内容物

    Accurate 16S Absolute Quantification Sequencing Revealed Vaginal Microecological Composition and Dynamics During Mixed Vaginitis Treatment With Fufang FuRong Effervescent Suppository

    准确的16S绝对定量测序揭示复方芙蓉泡腾栓治疗混合性阴道炎的阴道微生态组成和动态

    Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

    6.073

    (JCR: Q1)

    2022

    清华大学临床医学院

    阴道拭子

    High-throughput absolute quantification sequencing revealed osteoporosis-related gut microbiota alterations in Han Chinese elderly

    高通量绝对定量测序揭示汉族老年人骨质疏松症相关肠道微生物的变化

    Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

    6.073

    (JCR: Q1)

    2022

    华中科技大学同济医学院

    人类粪便

    Cross-comparison of microbiota in the oropharynx, hypopharyngeal squamous cell carcinoma and their adjacent tissues through quantitative microbiome profiling

    利用定量微生物图谱分析来比较口咽、下咽鳞状细胞癌及其邻近组织中的微生物

    Journal of Oral Microbiology

    5.833

    (JCR: Q1)

    2022

    上海复旦大学附属医院

    癌组织样本

    和口咽拭子

    Commensal Relationship of Three Bifidobacterial Species Leads to Increase of Bifidobacterium in Vitro Fermentation of Sialylated Immunoglobulin G by Human Gut Microbiota

    三种双歧杆菌的共生关系导致双歧杆菌在含有唾液酸化免疫球蛋白G的人类肠道菌群体外发酵中数量增加

    Journal of Agricultural and Food Chemistry

    5.895

    (JCR: Q1)

    2020

    南京农业大学

    人类粪便

    体外发酵液

    Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor protects mice against hepatocellular carcinoma by ameliorating intestinal dysbiosis and attenuating inflammation

    粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子可以通过改善肠道失调和减轻炎症来保护小鼠免受肝细胞癌侵害

    World Journal of Gastroenterology

    5.374

    (JCR: Q2)

    2020

    中国科学院西北生态环境资源研究院

    小鼠粪便

    The Genus Parabacteroides Is a Potential Contributor to the Beneficial Effects of Truncal Vagotomy-Related Bariatric Surgery

    副杆菌属是躯干迷走神经切开术相关减肥手术有益效果的潜在贡献者

    Obesity Surgery

    3.479

    (JCR: Q2)

    2022

    海军医科大学

    小鼠粪便



    —  环境农学食品领域(部分)—

    文章

    杂志

    IF

    年份

    单位

    样本类型

    A marine bacterial community capable of degrading poly(ethylene terephthalate) and polyethylene

    一种能够降解聚乙烯对苯二甲酸酯和聚乙烯的海洋细菌群落

    Journal of Hazardous Materials

    14.224

    (JCR: Q1)

    2021

    中国科学院海洋研究所

    塑料污染物

    Transcriptomic evidences for microbial carbon and nitrogen cycles in the deoxygenated seawaters of Bohai Sea

    渤海脱氧海水中微生物碳氮循环的转录组学证据

    Environment International

    13.352

    (JCR: Q1)

    2022

    厦门大学

    水体生物膜

    The synergy of porous substrates and functional genera for efficient nutrients removal at low temperature in a pilot-scale two-stage tidal flow constructed wetland

    中试规模两级潮汐流人工湿地中多孔基质和功能菌属的协同作用对低温下营养物质的高效去除

    Bioresource Technology

    11.889

    (JCR: Q1)

    2021

    北京工业大学

    水体生物膜

    Quantitative ecology associations between heterotrophic nitrification-aerobic denitrification, nitrogen-metabolism genes, and key bacteria in a tidal flow constructed wetland

    潮汐流人工湿地异养硝化-好氧反硝化、氮代谢基因和关键细菌之间的数量生态学关联

    Bioresource Technology

    11.889

    (JCR: Q1)

    2021

    北京工业大学

    水体生物膜

    Response of microbial communities based on full-scale classification and antibiotic resistance genes to azithromycin and copper combined pollution in activated sludge nitrification laboratory mesocosms at low temperature

    低温下活性污泥硝化系统中基于全尺度分类的微生物群落和抗生素抗性基因对阿奇霉素和铜复合污染的响应

    Bioresource Technology

    11.889

    (JCR: Q1)

    2021

    北京工业大学

    活性污泥

    Sediments alleviate the inhibition effects of antibiotics on denitrification: Functional gene, microbial community, and antibiotic resistance gene analysis

    沉积物减缓抗生素对反硝化作用的抑制作用:功能基因、微生物群落和抗生素抗性基因分析

    Science of The Total Environment

    10.753

    (JCR: Q1)

    2022

    北京大学

    悬浮沉积物

    Geographical, climatic, and soil factors control the altitudinal pattern of rhizosphere microbial diversity and its driving effect on root zone soil multifunctionality in mountain ecosystems

    地理、气候和土壤因子调控山地生态系统根际微生物多样性的海拔格局及其对根区土壤多功能性的驱动作用

    Science of The Total Environment     

    10.753

    (JCR: Q1)

    2023

    宁夏大学

    土壤

    High-throughput absolute quantification sequencing reveals the effect of different fertilizer applications on bacterial community in a tomato cultivated coastal saline soil

    高通量微生物绝对定量测序揭示不同施肥应用对种植番茄的滨海盐渍土壤细菌群落的影响

    Science of The Total Environment

    10.753

    (JCR: Q1)

    2019

    南京农业大学

    土壤

    Long-term nitrogen application decreases the abundance and copy number of predatory myxobacteria and alters the myxobacterial community structure in the soil

    长期施氮降低了捕食性粘细菌的相对丰度和绝对拷贝数,改变了土壤中粘细菌群落结构

    Science of The Total Environment

    10.753

    (JCR: Q1)

    2019

    中国科学院南京土壤所

    土壤

    Home-based microbial solution to boost crop growth in low-fertility soil

    促进低肥力土壤作物生长主场优势的微生物解决方案

    New Phytologist

    10.32

    (JCR: Q1)

    2023

    中国科学院南京土壤所

    土壤

    Response of Rhizosphere Bacterial Communities to Near-Natural Forest Management and Tree Species within Chinese Fir Plantations

    杉木人工林根际细菌群落对近自然森林经营及树种的响应

    Microbiology Spectrum

    9.043

    (JCR: Q1)

    2023

    中国林业科学研究院林业研究所

    土壤

    Storage tank as a pretreatment unit for rainwater cleaner production: Role of biofilm bacterial communities and functional genera in water quality improvement

    作为雨水清洁生产预处理单元的蓄水池:生物膜细菌群落和功能菌属在水质改善中的作用

    Journal of Environmental Management

    8.910

    (JCR: Q1)

    2022

    北京工业大学

    水体生物膜

    Insights into the bacterial, fungal, and phage communities and volatile profiles in different types of Daqu

    不同类型大曲中的细菌、真菌和噬菌体群落及挥发性物质研究

    Food Research International

    6.475

    (JCR: Q1)

    2022

    中国农业大学

    酒类发酵物

    Intercropping Pinto Peanut in Litchi Orchard Effectively Improved Soil Available Potassium Content, Optimized Soil Bacterial Community Structure, and Advanced Bacterial Community Diversity

    荔枝园间作平托花生有效提高了土壤速效钾含量,优化了土壤细菌群落结构,提高了细菌群落多样性

    Frontiers in Microbiology

    6.064

    (JCR: Q1)

    2022

    海南省农业科学院

    土壤

    Response of soil bacterial community to agricultural reclamation in the Tengger desert, northwestern China

    腾格里沙漠土壤细菌群落对农业开垦的响应

    Applied Soil Ecology

    5.509

    (JCR: Q2)

    2022

    宁夏大学

    土壤






  • 1、目前天昊微生物绝对定量测序是细菌和真菌都能检测吗?检测哪些区段?

    答:是的。Accu16S®细菌绝对定量测序可以检测的区段包括16S rDNA的V3、V4、V3+V4和V4+V5区。AccuITSTM真菌绝对定量测序可以检测的区段为ITS1和ITS2区。其他功能基因和18S rDNA暂不提供检测服务。


    2、天昊微生物绝对定量测序能得到目前市场上其他公司的常规扩增子测序结果吗?

    答:可以的。目前其他公司常见的常规扩增子测序就是传统的相对定量测序。我们绝对定量一次检测,可以提供常规的相对定量结果、绝对定量结果,以及两者比对分析结果三部分,数据更加全面。


    3、天昊微生物绝对定量测序能检测什么样本?

    答:研究领域涉及医学、环境、农学和生态等各个领域,样本类型包括人类及动物粪便、土壤、体外发酵液、水体生物膜、酒类发酵物及口拭子DNA样本等。


    4、我们应该如何取样?

    答:取样需要重点注意四个方面,即一致性、低温、洁净和备份。因为样本类型多样,如果不熟悉如何操作,可以在取样前,联系天昊技术人员进行咨询。


    5、如果送到样本是DNA,应该注意哪些问题?

    答:天昊绝对定量测序可以根据客户要求,选择用基于DNA水平或者样本水平进行分析(DNA水平:copies/ ng DNA;样本水平:copies/g土壤、粪便、copies/ L 水样等)。因此,如果客户寄送样本为DNA,而后希望按照样本水平进行分析,则客户在自己抽提DNA之前,需要对提取样本的重量或者液体体积进行记录。


    6、天昊绝对定量测序有生信分析的专属云平台吗?

    答:有的。客户可以登陆我们的云平台进行数据的二次自主分析。




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