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【昊工具】TRRUST: 值得信赖的转录因子-靶基因调控数据库


原创 上海天昊生物 


最近小编发现一个宝藏网站,如果您明年基金切入点是转录因子(TF),一定不要错过它:人/小鼠转录因子调控关系的数据库TRRUST(http://www.grnpedia.org/trrust/)
 
 

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2014年韩国研究团队构建了TRRUST数据库,目前已经更新到第二版本。该数据库基于MeSH词汇检索和文本挖掘以及后期的人工校对,确保了纳入数据库的TF-靶基因对都是经过实验验证的。第二版本数据库的原文发表于核酸研究杂志:TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Research 26 Oct, 2017 。目前,数据库包含了针对800种人转录因子、828种小鼠转录因子的8444个调控关系对和6552个调控关系对。



 

图:基于语句文本挖掘从已发表文章中挖掘小鼠TF-target调控相互作用的工作流程。

 

 

数据库特色

  • 可查询转录因子的下游靶基因

  • 可查询转录因子的转录因子

  • 可查询转录因子相关的疾病/通路

  • 可查询一个基因列表的关键调控转录因子

  • 原始数据均可下载,用于生信挖掘

 

 

操作步骤


A 查询一个目标转录因子(以BRCA1为例)

 


结果:
1 、转录因子的靶基因(可看到调控类型是抑制还是激活)



2、 靶基因的功能网络图



3、调控BRCA1的转录因子



4、调控BRCA1的TF的蛋白互作图



5、其它和BRCA1同靶点的TF



6、BRCA1相关的疾病/kegg通路/GO通路



B 查询一个基因列表的关键调控TF(以ESR1敲除后的差异表达基因列表为例)



结果:提示ESR1为最可能的关键调控TF



数据下载
 


TF-靶基因调控数据库被广泛用于其它生信数据库开发,例如2018年发表的RNA-Seq数据挖掘工具(Ge SX, Son EW, Yao R. iDEP: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq data. BMC Bioinformatics. 2018 Dec 19;19(1):534. doi: 10.1186/s12859-018-2486-6. PMID: 30567491; PMCID: PMC6299935.),就调用了TRRUST数据库的原始数据。

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