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ggplot2参数设置麻烦?试试ggpar!


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ggpar包是一个用于图形参数调整的包,但对于该包的使用介绍目前并不多见,这里,我们提供了官网的示例,并加以解释
(https://www.rdocumentation.org/packages/ggpubr/versions/0.1.4/topics/ggpar )。



加载R包和数据

In [1]:
.libPaths("C:/Program Files/R/R-3.6.1/library")
library(ggpubr)

In [2]:
# Load data
data("ToothGrowth")
df <- ToothGrowth
head(df)

Out[2]:
len supp dose
4.2 VC 0.5
11.5 VC 0.5
7.3 VC 0.5
5.8 VC 0.5
6.4 VC 0.5
10.0  VC  0.5

 

方向修改


1. 常见的箱体图

In [3]:
p <- ggboxplot(df, x = "dose", y = "len")
p

Out[3]:



2. 更改绘图方向
可选参数:"vertical", "horizontal", "reverse" (“垂直”,“水平”,“反向”)

In [4]:
ggpar(p, orientation = "vertical")

Out[4]:



In [5]:
ggpar(p, orientation = "reverse")

Out[5]:



In [6]:
ggpar(p, orientation = "horizontal")

Out[6]:



rotate 如果为TRUE,则通过将绘图方向设置为水平来旋转图形。

In [7]:
ggpar(p,rotate = T)

Out[7]:



 

 

标题、轴标签修改


1. 更改标题名和轴标签名

In [8]:
ggpar(p,
    main = "Plot of length \n by dose",
    xlab = "Dose (mg)", ylab = "Length")

Out[8]:



2. 更改标题和轴标签样式
标题字体样式: 'plain', 'italic', 'bold', 'bold.italic'(“普通”,“斜体”,“粗体”,“斜粗体”)

In [9]:
ggpar(p,
    main = "Length by dose",
    submain = "plot by length",
    font.main = c(24,"bold.italic", "red"),
    font.submain = c(14,"bold.italic", "green"),
    font.x = c(14, "bold", "#2E9FDF"),
    font.y = c(14, "bold", "#E7B800"))

Out[9]:



3. 隐藏轴标签

In [10]:
ggpar(p, xlab = FALSE, ylab = FALSE)

Out[10]:


 

箱体图颜色修改


1. 带颜色的箱体图

In [11]:
p2 <- ggboxplot(df, "dose", "len", color = "dose")p2

Out[11]:



2. 使用自定义调色板

In [12]:
ggpar(p2, palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))

Out[12]:



3. 使用Dark2 、grey 、 npg等调色板

In [13]:
ggpar(p2, palette = "Dark2" )

Out[13]:



In [14]:
ggpar(p2, palette = "grey")

Out[14]:



In [15]:
ggpar(p2, palette = "npg") # nature

Out[15]:


 

 

轴刻度,界限,刻度转换


1. 轴刻度标签和旋转
font.tickslab, font.xtickslab, font.ytickslab:刻度标签的字体样式(大小,字体,颜色)
x.text.angle, y.text.angle:x、y轴的字体方向

In [16]:
ggpar(p,
  font.tickslab = c(14,"bold", "#993333"),
  x.text.angle = 45, y.text.angle = 45)

Out[16]:



2. 隐藏轴刻度和刻度标签

In [17]:
ggpar(p, ticks = F, tickslab = F)

Out[17]:



3. 设置轴的范围

In [18]:
ggpar(p, ylim = c(-20, 60))

Out[18]:



In [19]:
ggpar(p, ylim = c(-20, 60),yticks.by = 10 )

Out[19]:



4. 轴刻度log2转换

In [20]:
ggpar(p, yscale = "log2", format.scale = TRUE)

Out[20]:


 

图例修改


1. 更改图例的位置和标题

In [21]:
ggpar(p2,
  legend = "right", legend.title = "Dose (mg)",
  font.legend = c(10, "bold", "red"))

Out[21]:


 

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作者:大熊

审核:有才

来源:天昊生信团

 

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