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m6A2Target: 2020年5月火热出炉的m6A修饰酶靶标数据库


上海天昊生物
昨天
 


 

RNA的m6A修饰,其研究热度高居不下,详情可戳链接:2019国自然最全m6A RNA甲基化解析目前涌现了大量m6A相关高分文章,其中绝大部分文章的核心内容都围绕着一个问题展开:m6A修饰酶的靶基因到底是谁?

近日,小编发现了由中山大学肿瘤防治中心团队开发的地表最强m6A修饰酶靶标数据库---- m6A2Target,可在线使用,操作简单,数据庞大,相信可以帮助到不少m6A研究者。

 

 
 

参考文献

 
 

 

2020年5月发表于Briefings in Bioinformatics期刊(IF=8.990)

 

 
 

主页

 
 


http://m6a2target.canceromics.org/#/home


 

m6A2Target是一个全面的m6A修饰酶(写入酶、擦除酶和读取酶)的靶基因数据库。它整合了经低通量实验验证的高可信度m6A修饰酶靶点,以及经CLIP-Seq、RIP-seq和ChIP-seq等高通量测序表明的具有结合证据的潜在靶点,或经m6A修饰酶干扰后(即敲低或过表达实验)结合RNA-Seq、m6A-Seq和Ribo-Seq等高通量测序后推断出的靶点。

 

 
 

数据库搭建框架

 
 



 

  • 1)文献数据收集:

开发者在Pubmed上查询m6A相关关键词,收集94篇m6A已发表的文献。所有这些论文仅限于更新至2019年3月的人类和小鼠研究。后续手动汇总了低通量实验结果,基于这些文章确定m6A的验证靶点;同时收集了这些论文的高通量测序数据,将其作为m6A潜在靶点进行分析和展示。

  • 2)数据分析:

从GEO数据集收集发表的数据,按其测序类型分类,共78个数据集。对于CLIP-seq、iCLIP-seq、 hitsCLIP-seq和eCLIP-seq,使用CLIP Tool Kit进行分析,HOMER进行注释。对于PARCLIP-seq,使用Bowtie比对和PARalyzer v1.5分析,然后由HOMER注释。ChIP-seq数据使用bowtie2映射到参考基因组,使用MACS2调用峰,然后由HOMER注释。RIP-seq通过RSEM分析,生成FPKM。对于RIP-seq ,富集倍数定义为log2(IP/input)。质谱模块的数据由质谱结果进行总结,依据论文补充。使用STAR进行比对,然后使用MACS2和MeTPeak进行m6A峰调用,通过计算每个峰的IP RPKM值和输入RPKM值之间的比值,得到相对m6A水平。对于RNA-seq数据,使用RSEM生成基因计数,使用DESeq2得到差异表达基因。对于核糖体图谱,利用Bowtie2过滤线粒体DNA和核糖体RNA后,利用STAR将剩余的读数映射到基因组,然后选取唯一且映射质量高的读数,利用RSEM生成的FPKM,计算翻译效率为log2(Treatment/Control)。

 

 

 
 

有目的基因时的操作方法

 
 

 


选择物种、修饰酶与细胞系,输入需要查询的基因


 

由于我这里没有限制酶和细胞系,结果展示了三类不同可信度的靶向结果(validated;Binding;Perturbation)。如果限定了细胞系和酶,可能只出现其中一类。

 

1)Validated targets:来源于低通量实验结果(IP,报告基因等),具体需要点击原文献和Detail查看。


 

2)Binding:基于组学的靶向证据。RIP-seq,CLIP-seq:蛋白-RNA结合数据;CHIP-seq:蛋白-DNA结合数据;MS:蛋白-蛋白互作数据。


 

3)Perturbation:在干扰修饰酶后,该基因的RNA,蛋白,翻译或甲基化水平任何之一发生变化,都列为潜在靶点。


 

 

 
 

没有明确目的基因时的操作方法

 
 

 

1)查看validated targets


 

2)查看potential targets


 

 

 
 

数据打包下载

 
 

 

 

 

 
 

应用

 
 

 

 

m6A-seq测序后,不知道选什么靶基因进行后续工作?

下一年基金准备走m6A方向,想做一些工作作为基础?

 

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