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SSR研究进展 11月集锦(三)



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1、浙江省主要地方鸡品种遗传多样性分析
作者:王珍珍,黄玲玲,田勇,余早生,石孟达,曾涛,卢立志
作者单位:1. 浙江师范大学化学与生命科学学院 2. 浙江省农业科学院畜牧兽医研究所 3. 福建农林大学动物科学学院 4. 松阳县早上好鹊山鸡养殖有限公司 5. 新昌县宫廷黄鸡繁育有限公司
出版日期:2019-11-13
    地方鸡(Gallus gallus)品种是我国禽类遗传资源的重要组成部分。浙江省养鸡历史悠久,拥有众多鸡品种遗传资源,为研究浙江省主要鸡品种遗传多样性和遗传结构,促进不同鸡品种资源的保护以及合理的开发利用,本研究利用短串联重复序列(short tandem repeats, STR)分型技术对鹊山鸡、仙居鸡、萧山鸡、丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡和白耳黄鸡6个鸡品种(共358只)在26个微卫星位点上进行了遗传多样性检测。结果显示,在6个群体的26个位点共检测到153个有效等位基因,平均有效等位基因数(effective number of alleles, Ne)为5.906 9,期望杂合度(expected heterozygousity, He)为0.795 9,基因流(gene flow,Nm)为2.007,Shannon信息指数I为1.925 1,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)在0.24~0.87之间。Nei氏遗传距离结果显示,6个群体间的Nei氏遗传距离为0.103 5~0.380 9;其中,鹊山鸡与萧山鸡的遗传距离最大(数值为0.3809),鹊山鸡和白耳黄鸡的遗传距离次之(数值为0.1072),龙游麻鸡和仙居鸡的遗传距离最小(数值为0.1035)。聚类分析结果显示,鹊山鸡与白耳黄鸡、仙居鸡与龙游麻鸡分别聚为一类。6个群体均具有较高的遗传多样性,其中白耳黄鸡的遗传多样性最高,丝羽乌骨鸡的遗传多样性最低,鹊山鸡与其他鸡品种的相似性顺序由高至低依次为白耳黄鸡、丝羽乌骨鸡、龙游麻鸡、仙居鸡、萧山鸡。本研究通过对浙江省境内6个鸡品种的遗传多样性分析,进一步完善了浙江省主要鸡品种的遗传结构,为鸡遗传资源的保护及开发利用提供了基础资料。
 

 
 

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2、基于微卫星标记的鳜种质遗传多样性与群体遗传结构分析
作者:曾可为,宋文,王青云,夏儒龙,王守荣,邓国乔,成为为,曹小娟
作者单位:1. 武汉市农业科学院水产研究所 2. 华中农业大学水产学院
出版日期:2019-11-12
    采用Illumina高通量测序技术对鳜(Siniperca chuatsi)性腺转录组进行分析,筛选获得可设计引物的微卫星序列4 986条。随机合成239对微卫星引物,其中27个微卫星标记(11.30%)在12个鳜群体中呈现多态性,等位基因数2~8(5.63±1.84),有效等位基因数1.86~6.80(3.99±1.56),观测杂合度0.21~0.78(0.49±0.16),期望杂合度0.46~0.85(0.71±0.12),平均多态信息量0.37~0.84(0.66±0.15),基因流0.11~2.14(0.67±0.45)。在12个鳜群体中,嘉鱼群体平均等位基因数和平均有效等位基因数最大;武汉群体平均观测杂合度、平均期望杂合度高;12个群体遗传距离为0.103 0~1.511 7,遗传相似系数为0.220 5~0.902 2;抚远群体和顺德群体间的遗传距离最大(1.511 7),遗传相似系数最小(0.220 5);韶关群体和顺德群体间的遗传距离最小(0.103 0),遗传相似系数最大(0.902 2);UPGMA聚类分析显示珠江水系一支与长江水系一支先聚集后再与黑龙江水体支汇聚;12个群体间的遗传分化系数FST介于0.041 8~0.611 0,群体间的遗传分化达到了显著性水平(P<0.05),梁子湖群体与武汉群体间的FST最小(0.041 8),顺德群体与抚远群体间的FST最大(0.611 0);AMOVA分析表明:群体间的遗传变异占33.14%,群体内遗传变异占66.86%;Structure分析显示12个群体可分为5个亚群。
 

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3、基于微卫星标记对长江江苏段鳙增殖放流效果评估
作者:冯晓婷,杨习文,杨雪军,刘熠,周彦锋,方弟安,徐东坡
作者单位:1. 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心 2. 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站
出版日期:2019-11-12
    为评估长江江苏段鳙(Aristichthysnobilis)增殖放流效果,本研究基于微卫星标记的亲子鉴定技术,选用10对扩增效果稳定的微卫星荧光标记引物,结合毛细管电泳对江苏省内良种场563尾鳙亲鱼和长江江苏段687尾回捕鳙进行基因分型,并对位点多态性及亲子鉴定结果进行了分析。结果表明,各位点等位基因介于19~55之间,其观测杂合度为0.530~0.909(平均值为0.748),期望杂合度为0.818~0.929(平均值为0.882),多态性信息含量为0.797~0.924 (平均值为0.871); Cervus3.0模拟结果显示,当双亲未知且置信度为95%时, 10个微卫星位点的累积非亲权排除率为99.996%。亲子鉴定结果发现,所有回捕鳙中有42尾与亲本之间存在亲子关系,被确认来源于鳙增殖放流群体,并由此推算此次评估亲本的放流子代对长江江苏段野生群体的贡献率为6.11%。结果显示该研究进行的鳙亲子鉴定技术可为长江鳙增殖放流效果评估工作提供可靠的数据支撑,为长江渔业资源管理提供参考资料。
 

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4、克氏原螯虾微卫星文库构建及多态性分析
作者:宋丹丹,王龙,魏红静,史文竞,朱传坤
作者单位:1. 淮阴师范学院生命科学学院 2. 江苏省特色水产繁育工程实验室 3. 江苏省区域现代农业与环境保护协同创新中心
出版日期:2019-11-27
    采用磁珠富集法构建了克氏原螯虾(GT)n重复类型的微卫星富集文库。随机检测了82个克隆,其中有78个为阳性,阳性率达95.1%。对75个阳性单克隆进行测序后,共获得序列57条,其中43条含有微卫星序列,微卫星富集效率为75.4%。根据43条含微卫星的序列共设计了21对引物,其中18对可扩增出稳定条带,并且有9对表现为多态性。在测试群体中对9个多态标记的检测结果显示,等位基因数为2~6个(平均4个),观测杂合度为0.3522~0.6667(平均0.5856),期望杂合度为0.3704~0.8390(平均0.6291),多态信息含量为0.2859~0.8001(平均0.5584)。本研究开发的微卫星标记将为今后克氏原螯虾及其近缘物种的群体遗传结构分析、种质资源保护、遗传图谱构建等遗传学和基因组学研究提供有利工具
 

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54种河鲀全基因组微卫星分布特征分析研究
作者:徐杰杰,郑翔,张鑫宇,王涛,尹绍武
作者单位:1. 南京师范大学海洋科学与工程学院
出版日期:2019-11-26
    本研究利用MISA软件对4种河鲀全基因组中的微卫星进行筛选并分析。结果如下:在红鳍东方鲀Takifugu rubripes (391.49 Mb)、菊黄东方鲀Takifugu flavidus (366.29 Mb)、双斑东方鲀Takifugu bimaculatus (371.68 Mb)及黑青斑河鲀Tetraodon nigroviridis (342.40 Mb)全基因组中,分别筛选出142 885个、135 009个、147 549个和179 703个完整型微卫星。相对丰度分别为365个/Mb、369个/Mb、397个/Mb和525个/Mb。微卫星总长度分别为2 876 322 bp、2 689 710bp、3 140 445bp和3 615 069bp,分别占基因组序列总长度的0.73%、0.73%、0.84%和1.06%。在1~6不同碱基重复类型完整型微卫星中,4种河鲀的6种碱基类型数目排序是一致的。均是单碱基重复数目最多,然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基。其中AC、A、C、AG、AGG、AT、AAT和AAC是4种河鲀共有的常见核心重复类别。东方鲀属3种河鲀基因组微卫星分布特征极为相似,分析红鳍东方鲀和双斑东方鲀的遗传距离可能更为接近。鲀属黑青斑河鲀与其他3种东方鲀属河鲀除部分微卫星特征相似外,在微卫星总数、微卫星相对丰度和密度、部分碱基类型数目及类别方面和东方鲀属差距较大。这可能与两属鱼类地理分布及进行滑动复制的碱基组成有关。推测东方鲀属和鲀属基因组可能具有独特的进化机制。本研究为多种河鲀基因组特征分析、多种河鲀微卫星引物设计、不同属种河鲀遗传距离及亲缘关系的探究等奠定了基础。
 

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6、景阳鸡遗传多样性的评估
作者:景若曦
作者单位:1. 杨凌职业技术学院
出版日期:2019-11-25
    景阳鸡是我国稀有的肉用型优良地方品种资源,但是由于小规模农户饲养方式以及保种意识的薄弱导致景阳鸡出现了品种特征退化现象,因此,遗传多样性评估对于景阳鸡的保重工作是十分有意义的。本研究利用5个由FAO-ISAG推荐的微卫星标记对景阳鸡进行遗传多样性检测,研究通过PCR技术对微卫星DNA进行扩增,再通过聚丙烯酰胺凝胶电泳以及银染显色,最后通过GENEPOP、POPGENE等软件进行数据分析。结果表明不同位点有效等位基因数量(ɑe)变化范围为5.81~8.24,实际等位基因数量(ɑ)的变化范围为13~25,多态信息含量(PIC)范围为0.87~0.92。数据表明景阳鸡具有丰富的遗传多样性,但是大部分位点不符合哈代-温伯格平衡,并处于杂合子缺乏状态;等位基因L型分布结果表明景阳鸡种群近期无遗传瓶颈。
 

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79个山羊品种微卫星DNA遗传多样性分析
作者:贾小姣,陈亚乐,王诗佳,卢振涛,张苍龙,张子军,任春环
作者单位:1. 安徽农业大学动物科技学院
出版日期:2019-11-22
    为了研究湘东黑山羊、川东白山羊、云岭山羊、板角山羊、黄淮山羊、圭山山羊、贵州白山羊、安徽白山羊和波尔山羊9个山羊品种的遗传多样性,利用微卫星标记技术检测了4个微卫星座位(OarAE101、Oar HH55、BM1329、BM143)的多态性。结果表明,9个山羊品种的4个微卫星座位中共检测到53个等位基因,9个山羊品种的期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)均在0.850以上,属于高杂合群体;9个山羊品种4个微卫星座位的PIC均值在0.820以上,属于高度多态微卫星DNA座位,可提供大量的遗传信息,具有遗传多样性评价优势,其中PIC值最高的是圭山山羊(PIC=0.857);主成分分析与UPGMA聚类分析结果显示贵州白山羊、云岭山羊与圭山山羊亲缘关系较近,川东白山羊与板角山羊亲缘关系较近,湘东黑山羊、黄淮山羊与安徽白山羊亲缘关系较近,引入的波尔山羊自成一类,它与其他山羊亲缘关系较远。综上,9个山羊品种均具有较高的遗传多样性,其中圭山山羊的遗传多样性最丰富,贵州白山羊遗传多样性最低;各品种之间的亲缘关系符合不同品种的地理位置与育成史。
 

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8、中国圈养林麝微卫星DNA多样性研究
作者:王豆,许冠,王洪永,何森,卜书海,郑雪莉
作者单位:1. 西北农林科技大学生命科学学院 2. 重庆市潼南区人民医院凤县逢春济民养殖有限公司 3. 青川九药麝业开发有限公司 4. 西北农林科技大学林学院
出版日期:2019-11-15
    本文利用13对微卫星标记,对我国3个核心种源地(巴山、秦岭、川西高原)圈养林麝种群进行遗传多样性和遗传结构分析。在167份样品中共检测到142个等位基因(Na),每个位点等位基因数介于7~16,均值为10.92,平均有效等位基因数(Ne)为6.3730,期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)均值分别为0.8302和0.3897。这些圈养林麝种群遗传多样性水平较高,但较低的观测杂合度表明圈养群体存在近交现象。两两群体间的Fst值和AMOVA分析结果均表明种群之间分化程度不明显。群体遗传结构分析显示,全部样本聚为3个遗传簇(最佳K值=3),其主体与3个地理来源相符,但种群间存在基因渗透现象。本研究中的秦岭种群遗传变异最为丰富,可以作为种质改良的基因池。
 

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9、基于微卫星标记的圆口铜鱼亲子鉴定技术
作者:何勇凤,朱永久,吴兴兵,龚进玲,杨德国
作者单位:1. 中国水产科学研究院长江水产研究所农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室
出版日期:2019-11-14
    为快速有效地鉴别不同的圆口铜鱼家系及来源,研究从已发表的40个微卫星标记中筛选出20个多态性较高且稳定扩增的微卫星位点,通过对8个圆口铜鱼家系339尾个体进行微卫星基因分型检测,建立了圆口铜鱼荧光微卫星标记与多重毛细管电泳相结合的亲子鉴定技术。遗传多样性分析结果显示,圆口铜鱼8个家系群体的平均等位基因数(N_a)为9个,平均多态信息含量(PIC)为0.616,平均期望杂合度(H_e)为0.659,平均观测杂合度(H_o)为0.691,其中子一代群体的遗传多样性水平明显低于亲本群体。亲子鉴定分析结果显示,当双亲基因型未知时其单亲累积排除概率(CE-1P)为0.99954473,当单亲基因型已知时其累积排除概率(CE-2P)为0.99999825,当双亲基因型未知时其双亲累积排除概率(CE-PP)为1.00000000,当使用20个微卫星位点进行亲子鉴定时, 297尾子一代均能正确找到其父母本,亲子鉴定准确率为100%。由此可见,研究建立的圆口铜鱼亲子鉴定技术是可靠的,能为圆口铜鱼的家系管理、种群遗传管理和增殖放流效果评估提供科学依据。
 
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10、西昌华吸鳅的微卫星引物筛选及赤水河四个地理种群的遗传多样性分析
作者:张智,俞丹,刘飞,刘焕章
作者单位:1. 中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室 2. 中国科学院大学
出版日期:2019-11-14
    采用高通量测序法对西昌华吸鳅(Sinogastromyzon sichangensis)基因组进行随机测序并筛选出符合条件的微卫星位点,设计可用于PCR扩增的引物,筛选出29对具有多态性的引物,平均等位基因数为14.5,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.620和0.882,多态信息含量(PIC)为0.859。选取其中多态性较高的20对引物在赤水河及其支流的4个地理种群中进行扩增,分析不同地理种群的遗传多样性和种群分化情况。结果表明,赤水镇种群观测杂合度最高(0.669),茅台镇种群观测杂合度最低(0.520);习水河多态信息含量最高(0.868),茅台镇种群多态信息含量最低(0.841)。赤水河干流的几个种群未出现显著分化,而习水河种群与其他3个种群的遗传分化程度较高。AMOVA分析显示遗传变异主要发生在群体内,群体间遗传变异仅占3.33%,群体内遗传变异占96.67%。种群遗传结构分析表明,赤水河干流整体遗传背景趋于一致,而习水河种群则单独聚为一个亚类群。研究为西昌华吸鳅的资源保护和种群遗传学研究提供了基础资料。
 
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