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m6AVar数据库:又一个热点,前沿的宝藏数据库


    网址:http://m6avar.renlab.org开发团队:中山大学超级计算机学院的任间教授参考文献:Zheng YY, Nie P, Peng D, He ZH, Liu MN, Xie YB, Miao YY, Zuo ZX* and Ren J*. m6AVar: a database of functional variants involved in m6A modification.Nucleic Acids Research. 2018; 46(D1): D139-145.
 
摘要
    人类基因组的单核苷酸变异(single nucleotide variants,SNVs)位点数量庞大,寻找其中真正的致病位点仍然是遗传学研究中的一项重要挑战。最近, N6-甲基胞嘧啶(m6A)修饰在许多基本生物过程和各种疾病中的关键作用被揭示,已经成为一个研究热点。因此,评估变异对m6A修饰的影响至关重要。m6Avar数据库由中山大学超级计算机学院的任间教授团队开发,是可能影响m6A修饰的m6A相关变异综合数据库,它将通过m6A修饰的功能来解释变异的功能。m6A相关变异来源于3种不同的m6A资源,包括miCLIP/PA-m6A-seq实验(高可信度),MeRIP-Seq实验(中可信度)和全转录组预测(低可信度)。数据库同时也整合了与变异相关的RBP结合区,miRNA-靶点和剪接位点以帮助用户研究m6A相关变异对转录后调控的影响,为进一步的功能研究提供了很多可以挖掘的资源。同时,该数据库还整合了来自全基因组关联研究( genome-wide association studies (GWAS)和ClinVar的数据,所以m6AVar也是研究m6A相关变异和疾病间的关系的一种有用资源。


 
 
图:m6AVar数据库的内容构架

数据总览
    m6AVar数据库收集了来源于dbSNP和TCGA的百万个位点信息, 成千上万的有实验证据的m6A修饰位点信息(来源于7个m6A 单核苷酸分辨率交联与免疫沉淀(miCLIP)实验数据,2个 PA-m6A-Seq实验数据和244个MeRIP-Seq实验数据),以及大量的预测m6A位点数据。目前,m6Avar数据库注释了414,241个 m6A相关变异位点,包括dbSNP 来源的352,014 m6A-associated germline mutations和TCGA来源的 62,227 m6A-associated somatic mutations.
 
 
输入页面
 
 
高血压疾病的搜索结果展示(可以设计关联研究或者功能验证文章):

 
 
基于m6AVar数据库的“SNP-m6A-疾病”关联研究文章
Genome-Wide Identification of N-Methyladenosine (mA) SNPs Associated With Rheumatoid Arthritis.
影响因子:4.154  PMID:30123242 期刊年卷:Front Genet 2018;9
Detection of mA-associated SNPs as potential functional variants for coronary artery disease.
影响因子:5  PMID:30221544 期刊年卷:Epigenomics 2018 10;10(10)
Genome-wide identification of mA-associated SNPs as potential functional variants for bone mineral density.
影响因子:3.819 PMID:29980810 期刊年卷:Osteoporos Int 2018 Sep;29(9)
Genome-wide enrichment of mA-associated single-nucleotide polymorphisms in the lipid loci.
影响因子:3.503 PMID:30262821 期刊年卷:Pharmacogenomics J. 2019 Aug;19(4)
Associations among NPPA gene polymorphisms, serum ANP levels, and hypertension in the Chinese Han population.
影响因子:1.935 PMID:31341238 期刊年卷:J Hum Hypertens 2019 Sep;33(9)
Examination of the associations between mA-associated single-nucleotide polymorphisms and blood pressure.
影响因子:3.217 PMID:31175347 期刊年卷:Hypertens. Res. 2019 Oct;42(10) DOI:10.1038/s41440-019-0277-8
Detection of Putative Functional Single Nucleotide Polymorphisms in Blood Pressure Loci and Validation of Association Between Single Nucleotide Polymorphism in WBP1L and Hypertension in the Chinese Han Population.
影响因子:2.371 PMID:30422892 期刊年卷:J. Cardiovasc. Pharmacol. 2019 Jan;73(1)
In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.
影响因子:4.522 PMID:31245852 期刊年卷:J. Cell. Physiol. 2019 Jun 27;
Integrating genome-wide association study and methylation functional annotation data identified candidate genes and pathways for schizophrenia.
影响因子:4.315 PMID:31425724
Putative functional SNPs in SLC22A3 and H3F3B might influence the development of CAD by regulating the lipid levels.
影响因子:3.266 PMID:29894858 期刊年卷:Thromb. Res. 2018 08;168



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