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m6A纯生信挖掘可以为基金申请加分


    2019年9月哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院徐娟、李永生、张云鹏课题组在Molecular Cancer上以Letter形式发表了题为“Molecular characterization and clinical relevance of m6A regulators across 33 cancer types”的论文,主要基于TCGA数据库分析了33个癌种中m6A调控因子(regulators)的分子特征和临床相关性。


    文章中总结了20个m6A的regulators,包括11个readers, 7个writers和2个erasers(图1A-B),整合了TCGA数据库33个癌种中这些regulators的体细胞突变(图1C)、拷贝数变异(图1D)和基因表达信息(图1E-F)。同时也获取了细胞系样本的突变和表达数据,其中发现IGF2BP3的表达在15个癌种中显著更高,在一些细胞系样本中亦是如此。这些结果说明m6A的调控因子在不同的癌种确实存在异常的遗传和表达上的变化。
 

 
 
图1 泛癌种中m6A regulators异常的遗传和表达信息

    接下来为了研究m6A regulators参与癌症的分子机制,研究人员分析了单个m6A regulators的表达和50个癌症hallmark相关的通路活性之间的相关性,发现了m6A regulators的表达与多个通路的激活或者抑制相关(图2A-B)。其中,YTHDF2, RBMX和RBM15与更多的激活通路相关,如PI3K-AKT-MTOR, G2M checkpoint和P53通路。不同的regulators与不同的癌症通路变化相关,说明虽然在m6A调控功能上属于同一种但是对于癌症的影响可能是不同的。
 

 
图2 m6A regulators与癌症通路的激活或抑制相关

    最后研究m6A regulators的临床意义,发现所有的regulators至少与一个癌种的患者整体生存率相关(图3A),有些表现出oncogenic特征,这些基因的高表达与更差的预后相关。IGF2BP3的高表达与13个癌种更差的预后相关(图3B),另外收集的13个GEO数据包括7种组织液发现IGF2BP3与差的预后相关。这些结果均能说明IGF2BP3可能在不同癌种中表现为oncogene。基于m6A regulators整体的表达pattern,能够很好地将肾癌区分成2个亚组,其中m6A regulators高表达组有更好的预后(图3C-D)。
 

 
 
总结
这篇文章讲的故事是泛癌种中m6A regulators的变异和预后,其实在此之前单一癌种中已经有部分生信文章的发表:

1如天津医科大学总医院和北京天坛医院团队合作研究胶质瘤中m6A regulators对恶性进展和临床预后的作用:
 

其中论文的第一作者柴睿超拿到了2019年青年科学基金:
    m6A识别蛋白YTHDF2调控UBXN1/NF-κB信号轴参与恶性进展胶质瘤化疗抵抗的机制研究(北京市神经外科研究所,青年)

2如悉尼大学的团队分析了急性髓性白血病中m6A regulators的遗传变异和生存预后间的关系:
 

 

 3如北京大学第一医院团队研究肾透明细胞癌中m6A regulators的基因特征和预后价值:
 

    因此其它癌种是否也可以做类似的深入地生信挖掘,再加上一些临床样本的验证来作为您的研究基础?另外也可以利用m6AVar数据库(http://m6avar.renlab.org/)分析m6A修饰的相应基因SNP的数据,研究m6A-SNP的生物学机制和功能。
 
关于天昊
 
    天昊生物具有多年基因组、转录组和表观组等多组学检测与分析的经验,m6A RNA甲基化作为表观领域的一大热点,天昊生物可为您提供m6A整体水平定量,结合RNA-seq和m6A MeRIP-seq挖掘潜在的受m6A调控酶影响的靶点,同时可对靶点进行MeRIP-qPCR验证。生信团队亦可提供个性化的数据库挖掘与生信分析内容。

 



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