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【昊工具】好用到飞起来的癌症候选基因数据库-The Network of Cancer Genes (NCG)



数据库背景信息
       由于越来越多的测序研究不断扩充癌症基因的相关数据,研究者急需一个能时时更新的癌症基因综合信息数据库。因此,研究者在2010年开始建立The Network of Cancer Genes (NCG)数据库,旨在从大量癌症测序数据中收集汇总癌症基因并给予详细注释。
 
       NCG基于专家对癌症测序筛查研究的分析总结,提取出原始文献中癌症基因,并且收集分析该基因各方面的特征性质信息(简单来说,这是一个基于测序研究手动整理的癌症候选基因百科全书)。目前最新版NCG,共包括了2372个癌症基因。基于275篇已发表文章,这些基因的体细胞改变具有已知或预测具有癌症驱动作用。NCG同时注释了癌症基因的特性,例如多倍性,进化起源,RNA和蛋白表达,miRNA和蛋白互做,以及蛋白功能和其它一些基本特性。NCG目前已更新到第六版,与旧版相比,新版囊括的内容增加了1.5倍,可在以下地址访问http://ncg.kcl.ac.uk/。




 
图:2372个癌症候选基因来源(2个癌症数据库+273篇癌症测序文章)。
 
数据库使用体验
首页(支持多种搜索模式)
 




 以BRCA1为例,搜索结果页面内容


基本信息模块(各种NCBI序列编号与链接“一网打尽”)





癌症基因信息模块





1 Cancer information:提示BRCA1为肿瘤驱动基因的文献列表(包括技术平台,分析平台,癌种等信息)






2 Duplicability(倍性):体现BRCA1基因编码蛋白序列在基因组的比对情况






3 Orthology  BRCA1基因的直系同源情况





4 Network Properties:BRCA1蛋白互做情况





5 Gene Expression in Normal Tissues:包括2个基因表达数据(GTEx和Protein Atlas)和1个蛋白表达数据(Protein Atlas)













6 Gene Expression in Cancer Cell Lines:列举了三个数据库中肿瘤细胞系中该基因表达情况(Cancer Cell Lines Encyclopedia (CCLE)Cosmic Cancer Cell Lines Project (CLP)Genentech dataset (GNE)






7 Essentiality:BRCA1基因对于细胞系存活的必须性(来源于OGEE和PICKLES 数据库)








8  Protein Function:蛋白参与的通路信息(来源于KEGG,Reactome,BioCarta三个数据库)







9 miRNA-gene interactions:互做miRNA信息





 
结语:如果准备开展一个肿瘤基因的功能研究,先来NCG数据逛一逛,一定可以少走很多弯路哦~



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