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多重目的区域甲基化富集测序

多重目的区域甲基化富集测序

技术简介:

甲基化是一种非常重要的表观遗传学标记信息,参与了包括基因调控、生物发育、疾病发生等多种生物学过程,并且在大多数癌症中广泛发现甲基化异常。除了对于全基因组甲基化水平的观察与研究,对于众多目的基因的甲基化水平研究则更有针对性和大样本可行性。使用亚硫酸氢盐处理DNA后,天昊生物结合目的区域富集和二代测序技术,推出自主研发的多重目的区域甲基化富集测序技术——MethylTarget®,在大幅度降低研究费用的同时实现个性化目的区域甲基化测序。

技术参数及分析内容


技术优势


   • 基于二代测序,可以获得目的区域内所有C碱基的甲基化数据
   • 1000×的测序深度,精确计算每个位点C碱基的甲基化程度
   • 通量高,可同时对成百上千个区域进行甲基化程度分析
   • 适用于大样本多区域的DNA甲基化水平检测

技术参数及分析内容


技术路线



生信分析



客户文章解读

英文题目:Folate treatment of pregnant rat dams abolishes metabolic effects in female offspring induced by a paternal pre-conception unhealthy diet

中文题目:父方孕前不良饮食习惯对女性后代的代谢损伤影响可被雌性大鼠孕期叶酸治疗过程逆转

期刊名:《Diabetologia》

发表时间: 2018年5月18日

影响因子:7.113


研究背景:

   • 母亲孕前或孕期的生活方式可能对后代器官的功能或结构造成永久性的影响和改变;
   • 近期研究发现,父亲在精子成熟期或孕前的营养情况也能对子代的器官功能造成永久性的影响;
   • 对于父方营养对子代造成的表观遗传学改变的机制尚无深入研究;

研究方法:

   • 大鼠组别设置:雄性大鼠的高脂-糖-盐饮食;雌性孕鼠的叶酸饲喂为2个主要组别设置因素(见下图)
   • 大鼠肝组织RNA测序;肝组织和胰腺组织目的基因RT-PCR
   • 整体和MethylTarget®技术检测基因特异性DNA甲基化水平
   • 代谢能力和其它指标检测



研究结果:

   • 对于父方高脂-糖-盐饮食组,其雌性后代表现明显的葡萄糖耐受损伤,可能是肝组织一些关键代谢基因表达异常的外在体现;
   • 对于父方高脂-糖-盐饮食组,其后代表现整体甲基化上升,但一些代谢核心基因的甲基化水平并无显著变化(可能因为样本量太小);
   • 雄性大鼠孕前不良饮食习惯对女性后代的代谢损伤影响可被雌性大鼠孕期叶酸治疗过程逆转

研究意义和结论:

   • 该研究提示,母亲孕期服用叶酸,可能能够改善和治疗父方孕前快餐饮食习惯对子代造成的表观遗传学不良影响。


英文题目:Genome-wide DNA methylation analysis in systemic sclerosis revealshypomethylation of interferon-associated genes in CD4+ and CD8+ T cells

中文题目:全基因组DNA甲基化研究发现系统性硬化症患者CD4+ 和CD8+ T细胞的干扰素相关基因表现低甲基化状态

期刊名:《J Invest Dermatol.》

发表时间: 2017年12月5日

影响因子:6.29


研究背景:

   • 系统性硬化症(SSc)也称为硬皮病,是一种基因,表观遗传和环境共同参与并相互作用的多系统自身免疫疾病。
   • 参与系统硬化症的免疫细胞的整体甲基化状态尚无深入的研究。

研究方法:


研究结果:

   • 全基因组甲基化检测确定差异甲基化位点后的GO富集分析,发现干扰素相关通路基因在2种T细胞的DMR中都显著富集。
   • 目的区域甲基化技术检测第一阶段的部分样本,表明450k甲基化检测芯片和目的区域甲基化技术结果的一致性非常好,Pearson相关性高达86%和90%。
   • 目的区域甲基化技术在独立扩大样本中验证第一阶段获得的干扰素信号通路基因(16个基因;62个位点),其中5个基因的差以甲基化得到验证。
   • 通过检测干扰素信号通路基因的表达量,部分基因的表达量与甲基化程度表现显著的负相关。
   • 通过检测血液 IFN-a、IFN-b水平,发现部分干扰素信号通路基因高表达与高IFN-a、IFN-b水平相关。

研究结论:

   • I型干扰素信号通路在系统性硬化症患者中表现出表观遗传水平上的功能障碍,表明低甲基化和I型干扰素相关基因表达上调可能是SSc发病机制中的关键。


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