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10xGenomics单细胞转录组测序


10xGenomics单细胞转录组测序

服务介绍:

10x Genomics 单细胞转录组测序(Single Cell RNA-seq) 是基于油包水液滴进行单细胞分离,并针对单个细胞内的mRNA 进行扩增和高通量测序的一项新技术。单细胞表达谱的绘制能够完美地揭示细胞间基因表达的异质性,从复杂生物样本中发现稀有细胞类型。

10x Genomics 单细胞转录组测序适用于绝大部分细胞类型,并且被广泛应用于组织单细胞转录组图谱、发育与细胞分化、细胞共同演化起源等方向。

技术参数及分析内容


技术优势


   • 高通量单细胞分析方法中具有最高的灵敏度、准确性和一致性
   • 能够实现快速分选,一次可对1000-10000个细胞进行建库
   • 具有极高的灵敏度,细胞捕获效率高达65%
   • 实验流程简单,细胞大小选择更灵活
   • 双细胞比例仅为0.9%/1000个细胞
   • 同时适用于单核转录组测序

技术路线


经典案例解读

1、Single-cell RNA sequencing resolves molecular relationships among individual plant cells

题目:单细胞RNA测序解析单个植物细胞之间的分子关系

发表期刊:Plant Physiology

发表时间:2019-2-4

影响因子:5.949

    单细胞RNA测序(scRNA-seq)已广泛用于研究动物细胞特异性基因表达,但尚未广泛应用于植物。本研究报道了一种基于商用液滴微流体平台(10x Genomics)的高通量scRNA-seq方法,从超过10000个拟南芥根细胞原生质体中获得单细胞转录组。研究发现,所有主要组织和发育阶段都存在于这种单细胞转录组群体中。此外,还鉴定了不同的亚群和稀有细胞类型,包括可能的静态中心细胞。根表皮细胞转录组的集中分析定义了从分生组织到根毛和非毛细胞分化成熟阶段的各个细胞的发展轨迹。此外,单细胞转录组是从根表皮突变体中获得的,能够以单细胞分辨率对基因表达进行比较分析,并对突变基因的影响提供了前所未有的视角。总的来说,这项研究证明了scRNA-seq在植物中的可行性和实用性,并提供了单细胞分辨率下拟南芥根的第一代基因表达图谱。

图1、野生型拟南芥根单细胞转录组的分离和聚类分析

2、Single-cell transcriptome provides novel insights into antler stem cells,a cell type capable of mammalian organ regeneration

题目:单细胞转录组为鹿茸干细胞这类可使哺乳动物器官再生的细胞提供新的见解

发表期刊:Functional & Integrative Genomics

发表时间:2019-1-23

影响因子:3.889

    鹿角再生是一种基于干细胞的表面再生过程,有潜力成为再生医学的一个有价值的模型。用于鹿茸发育的鹿茸干细胞库位于鹿茸骨膜中。然而,这个ASC库是同质的还是异质的还并不十分清楚。在本文中,研究者首次使用10x Genomics平台,通过单细胞转录组测序方法(scRNA-seq)对鹿茸干细胞进行了测定。共有4565个鹿茸干细胞被测序并组成一个大的细胞群,这表明在AP的ASC可能是一个同质群体。scRNA-seq数据显示,肿瘤相关基因在这些同质ASCs中高度表达。对干细胞标记物的筛选结果表明,干细胞可能被认为是胚胎干细胞(CD9)和成体干细胞(CD29、CD90、NPM1和VIM)之间的一种特殊类型的干细胞。本研究结果第一次在单细胞水平上对鹿茸干细胞转录组进行了综合分析,并且只鉴定出了鹿茸骨膜中的一种主要细胞类型和一些关键的干细胞基因,这可能是为什么鹿角这种独特的哺乳动物器官一旦丢失就能完全再生的关键。

测序数据及细胞质控统计结果

质控前(上图)和质控后(下图)细胞表达量统计结果

tSNE聚类图

聚类间差异倍数最高top10的标记基因表达量热图

标记基因在聚类中高表达分布图

标记基因在聚类中表达量小提琴分布图

拟时轨迹分析图

不同分辨率下的tSNE聚类图展示

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